1878年、3人のフランス人修道女が函館の地に降り立って活動を始めました。授産所や施療院、養護施設を開設し、数年後には女学校を開校して女子教育における先駆者として函館市民に親しまれるようになりました。 しかし学校の設立に関しては東京の方が早く、1881年に神田の猿楽町に設立されたものが修道会最初の教育機関です。フランス語や英語、技芸を教え、「赤レンガの学校」と呼び親しまれたこの場所に、多くの開明的な子女が集まったと言われています。これが白百合学園の礎です。
日本各地で修道会の尽力によって育ったそれぞれの施設は、1948年の学制改革によって名称を統一することとなり、ここに学校法人白百合学園の原型ができあがりました。
現在、北海道の函館、岩手の盛岡、宮城の仙台、東京都、神奈川の藤沢と箱根、熊本の八代にいたるまで、教育・福祉施設は、幼稚園から大学院まで全国10地区28校2福祉施設におよび、いっそうの教育環境の充実を目指しています。